На фронте командиром батальона Б. Момышулы провел месяц, после чего был досрочно повышен в командирской должности — до командира «своего же» полка, оставаясь в звании старшего лейтенанта

Позже, будучи командиром 19-го гвардейского стрелкового полка, 26-30 ноября 1941 года гвардии старший лейтенант[1] Момыш-улы в районе деревни Соколово Московской области вместе со своим полком в течение четырёх суток вёл упорные бои, успешно отбивая атаки противника. 5 декабря 1941 года Б. Момышулы был ранен, но поля боя не покинул.

В ходе боя в деревне Дубровка Московской области он вновь был тяжело ранен.

В январе-апреле 1942 г. 8-я гвардейская стрелковая дивизия и 9-я гвардейская стрелковая дивизия, командиром которой Б.Момышулы был назначен впоследствии, вели бои с дивизией СС «Мертвая голова» (Totenkopf) и участвовали в Демянской операции («Демянский котел»). Вскоре Б. Момышулы было присвоено звание гвардии полковника, и вышел приказ о его назначении командиром дивизией.

В 1944 году Б.Момышулы окончил курсы усовершенствования офицерского состава при Военной академии Генерального штаба.

С 28 января 1945 года гвардии полковник Бауыржан Момышулы командовал 9-й гвардейской стрелковой дивизией 2-го гвардейского стрелкового корпуса 6-й гвардейской армии 2-го Прибалтийского фронта.

В феврале — марте 1945 года северо-западнее станции Приекуле (Латвия) части умело руководимой им дивизии прорвали три полосы сильно укрепленной обороны противника. В результате наступления дивизии было освобождено 15 населённых пунктов, нанесён значительный урон врагу в живой силе и боевой технике.