В годы Великой Отечественной войны здесь было захоронено около тысячи воинов, умерших в военных госпиталях Томска. Начало захоронений воинов на этом кладбище относится к 1942 году, к моменту прибытия эвакогоспиталей. Захоронения производились на двух участках кладбища: у центрального входа и вдоль центральной линии. Свыше 700 умерших от ран захоронено в средней и южной части кладбища. Здесь же расположена братская могила: 20 курсантов Томского артиллерийского училища, погибших при исполнении служебных обязанностей. 213 могильных холмиков с захоронениями находятся в северной части кладбища.