Природная система - это эмпирическое обобщение научных эмпирических фактов и явлений Природы. Вернадский пишет, что эмпирическое обобщение - это утверждение, точно логически выведенное из научных фактов и наблюдений. Определение природной системы как эмпирического обобщения лежит на границе познания - из предварительных умозаключений и интуитивных представлений мы приходим к мысли, что есть какая-то система в окружающем нас мире и осторожно спускаемся на второй уровень знания - ищем эту систему путем эмпирических обобщений всех известных фактов и явлений природы.

Определение выявляет кандидатов в природные системы на основании достаточного количества фактов, которые удовлетворяют основным принципам природной системы, и более того зовут исследователя проверить, не являются ли природными системами такие эмпирические обобщения многочисленных наблюдений, как: Человек, Солнце, Солнечная система, Атмосфера планеты... Наибольшее значение определения заключается в том, что оно выявляет системы, существующие в природе, во всем взаимодействии их с окружающей средой, в отличие от многочисленных определений системы как модели.