Одной из ярких черт дидактической системы Л.В. Занкова является неукоснительное требование к учителю обеспечить добрые, доверительные, насыщенные положительными эмоциями отношения между учителем и учащимися. Недостатком этой программы является, что допустим, в математике много времени уделяется развитию логики, а мало времени отработке вычислительных навыков, учиться по этой программе довольно трудно, потому что изучение материала идет быстрым темпом. 

Говоря о минусах системы Занкова, отмечают, что хотя она и разработана до 8 класса включительно, чаще всего преподается в начальной школе. Далее дети вынуждены переходить либо на традиционное обучение, либо на иные программы.

Система Л.В. Занкова целостна, при ее реализации не следует упускать никакой из ее вышеописанных компонентов: каждой из них несет свою развивающую функцию и способствует решению задачи общего развития школьников.