Вопрос о создании в Северной Осетии государственного заповедника возник ещё до Великой Отечественной Войны 1941-45 гг. Для изучения возможностей создания природоохраных организаций в Северной Осетии, в 1947 г. из Зоологического института АН СССР прибыли известные зоологи Н.К. Верещагин, О.И. Семенов-Тян-Шанский и Н.И. Бурчак-Абрамович, которые предложили организовать Цейский заповедник на площади 5,1 тыс. га, однако в 1958 г, вместо Цейского заповедника был организован республиканский заказник «Цейский». И лишь в 1967 г. на базе этого заказника в системе Главного управления охотничьего хозяйства и заповедников при Совете Министров  РСФСР (Главохота РСФСР) был создан Северо-Осетинский государственный заповедник (СОГЗ, с 2000 г. - Северо-Осетинский государственный природный заповедник, СОГПЗ): Постановление Совета Министров РСФСР  № 677 от 07.09.1967 г., Приказ Главохоты РСФСР № 378 об организации заповедника общей площадью 26133 га и 13600 га охранной зоны (Таболов и др., 1974).
 Первым директором был назначен биолог-охотовед М.И. Фарниев, проработавший до 03.05.1972 г., а с 05.05.1972 г. по 1986 г. директором заповедника был М.А. Таболов, Затем директором был назначен Р.Х. Рамонов, которого в 1987 г. сменил З.Х. Каболов, проработавший в этой должности до 2010 г., когда директором был назначен К.К. Гурциев.

В декабре 1967 г. были образованы первые 12 обходов, с закреплением за ними лесников. В заповеднике появились штатные единицы лесной охраны и научных сотрудников, начали проводиться хозяйственные работы, необходимые для  функционирования заповедника: строительство и ремонт подвесных мостов через р. Ардон в Касарском ущелье, прокладка противопожарных троп, строительство зимовий кордонов, установка знаков, приобретение автотранспорта, лошадей. В 1968 г. в Цейской долине был приобретен лесной кордон.
Первоначально в заповеднике был структурно выделен только лесной отдел. Позднее, в 1976 г., добавились научный и административно-хозяйственный, а в 1997 г. - эколого-просветительский отделы.

За несколько лет существования заповедника была проделана большая работа по обеспечению охраны и укреплению заповедного режима и заметно улучшена природо-просветительная работа с населением республики. В большом количестве распространялась литература, посвященная охране природы. Ежегодно выполнялись лесотехнические, биотехнические и противопожарные мероприятия, способствовавшие улучшению состояния лесов и их обитателей.
Начальное лесоустройство Северо-Осетинского заповедника  было проведено в 1974 г., 1-ой Воронежской лесоустроительной экспедицией,  второе лесоустройство - в 1986 г. Закавказским лесоустроительным предприятием.

По Распоряжению Совета Министров РСФСР №1298-Р от 13.06.1969 г. и приказу Главохоты РСФСР №206 от 24.06.1969 г., в июле 1969 г. из земель СОГЗ передан Северо-Осетинскому областному Совету профсоюзов земельный участок площадью 32,0 га в Цейском ущелье (кварталы  №№ 1, 3, 9, 10).
Распоряжением Совета Министров РСФСР № 1382 от 23.08.1977 г. заповеднику  передан участок площадью 9,3 га, примыкающий с севера к г. Алагиру, на котором расположены Центральная усадьба и дендросад  (2 га), также вошедший в состав Архонского участка.

Постановлением Совета Министров РСФСР № 27 от 6.01.1978 г. Буронскому поселковому совету было передано 15,9 га из территории заповедника, у слияния рек Ардон и Цейдон, с последующим выделением равной площади из земель Госзапаса (район р. Шачерпайком)  Цейскому лесничеству заповедника.

Ещё в 70-е годы ставился вопрос о расширении территории заповедника за счет буково-грабовых лесов Суадагского учебно-опытного лесхоза, поскольку из 26133 га заповедной территории только 5000 га покрыты лесом. Остальная территория представляла собой высокогорные безлесные скальные массивы с ледниками и осыпями. Между тем, в центральной части Северного Кавказа не было ни одного гектара заповедных буковых лесов, но только 12.12.1983 г. Распоряжением Совета Министров СО АССР № 719 Северо-Осетинскому заповеднику из земель Тамиского лесничества Алагирского мехлесхоза дополнительно передано 3087 га (урочище Шуби, вошедшее в состав Архонского участка). Постановлением Администрации местного самоуправления Алагирского района РСО-А №216 от 02.09.1996 г. заповеднику был передан участок Карца на северных склонах Карцинского хребта площадью 554 га (летние пастбища зубров), граничащий с участком Шуби.

Таким образом, землепользование заповедника сложилось из трех обособленных территорий: высокогорной (основной), Шуби и участка, где располагается его Центральная усадьба (в г. Алагире). Эти территории разделены между четырьмя участками (ранее именовавшимися лесничествами): Архонским - 8 685 га; Буронским - 6 820 га; Цейским - 9 152 га; Фиагдонским - 4 873 га.