Целью организации заказника является сохранение и восстановление редких и исчезающих видов растений и животных, в том числе ценных видов в хозяйственном и научном отношении.

Значимость заказника заключается в том, что он является одной из наиболее богатых в фаунистическом отношении территорий Горного Алтая, в частности в его пределах представлены практически все виды охотничьей фауны Республики Алтай, в том числе занесенные в Красную книгу Республики Алтай.

Заказник расположен в одном из наиболее сохранившихся уголков нетронутой природы Республики Алтай. Его территория удалена от автомобильных дорог и населенных пунктов, ограждена труднодоступными отрогами Катунского, Северо-Чуйского и Южно-Чуйского хребтов. В границах заказника расположен Северо-Чуйский ледниковый центр, включающий 200 ледников карового, котловинного, присклонового и карово-висячего типов общей площадью 117,7 км2.

На территории заказника несколько десятков озер, наиболее крупное и живописное из которых оз. Шавлинское площадью 72 га.

Территория заказника включает практически все растительные пояса Центрального Алтая. Здесь представлены как особо охраняемые, так и охотничье-промысловые животные. Всего на территории Шавлинского заказника обитает 52 вида млекопитающих, 118 видов птиц, 6 видов пресмыкающихся, 3 вида земноводных, 10 видов рыб, из них 17 видов занесены в Красную книгу Республики Алтай.

На территории заказника находится самый большой ареал снежного барса, одного из «флаговых» видов животных Горного Алтая.

Просветительские и рекреационные объекты отсутствуют.