Самый простой и распространенный способ сборки приложения - это сборка с помощью файла pom.xml. т.е. с помощью Maven.

Мавен - это инструмент для сборки Java проекта: компиляции, создания jar, создания дистрибутива программы, генерации документации.

Сборка проекта происходит в любой операционной системе. Файл проекта один и тот же.

Редко какие проекты пишутся без использования сторонних библиотек(зависимостей). Эти сторонние библиотеки зачастую тоже в свою очередь используют библиотеки разных версий. Мавен позволяет управлять такими сложными зависимостями. Что позволяет разрешать конфликты версий и в случае необходимости легко переходить на новые версии библиотек.