Розпочинається підготовка з складання докладного плану уроку. Кожен етап уроку розписується і вказується час, витрачений на цей етап. Вчителі заздалегідь продумують хід уроку і прогнозують всі можливі паузи, пов'язані з наочністю та роздатковим матеріалом. Зазвичай на інтегрованих уроках чимало навчального обладнання: від карток до мультимедійного полотна. Вчителі працюють в парі, і навіть якщо в певний момент провідну роль відіграє один педагог, другий не повинен сидіти в тіні. Він або готується до наступного етапу, або спостерігає за роботою дітей, допомагає їм.

Можна залучати і учнів до підготовки інтегрованого уроку, заздалегідь пропонуючи їм підготувати якусь частину нового матеріалу. Таким чином, ви вже робите урок рольовим. Часто інтегровані уроки проводяться у формі семінарів,  які у свою чергу, підрозділяються на семінар-дослідження, семінар-дискусію і семінар-«круглий стіл».

Сьогодні педагогіка схиляється до того, що в основі інтегрованих уроків повинна бути гуманістична спрямованість. Це означає, що знання набувають характеру особистісно важливих, близьких кожному учневі. Прикладом реалізації мети такої роботи є висловлювання однієї з учениць, яка після уроку  (див. додаток) сказала: « У мене було ставлення до Шевченка мов до ікони, а тепер я відчула, що це була велика, але людина. Так значно цікавіше вчитись.»