Организовывать групповую работу учащихся можно по-разному, в зависимости от темы и цели конкретного проекта, а также от сложившейся проектной ситуации. Учитель может воспользоваться формальными группами. Такие группы в явном виде создаются, функционируют и оцениваются как группы, где школьники должны кооперироваться друг с другом. Учитель может использовать неявные, виртуальные группы. Они действуют практически так же, как формальные группы, но их отличает небольшой срок жизни (от нескольких минут до одного урока), отсутствие большого числа формально выдвигаемых требований по процедурам функционирования. Существуют еще более короткоживущие организационные формы — стандартные процедуры кооперации учащихся.