Родился 14 (27) декабря 1831 года в деревне Туксанба́ево Кульиль-Минской волости Белебеевского уезда Оренбургской губернии (в настоящее время Миякинского района Республики Башкортостан).

Происхождение писателя точно не известно. Согласно ревизским сказкам XIX века, отец — Камалетдин Искужин (1805 г.р.), указной имам, мать — Бибиуммугульсум Салимьянова (1809 г.р.), оба являются башкирами-вотчинниками Кульиль-Минской волости Белебеевского уезда[6][7]. По другой же версии, отцом Акмуллы является казах Мухаммедьяр.[8]нет в источнике[9]нет в источнике Риза Фахретдин же пишет, что его отец был башкиром, а мать из «казанцев»[10][11].

Начальное образование будущий поэт получил в родной деревне, учился в медресе соседних деревень Менеузтамак и Анясово, был шакирдом медресе в деревне Стерлибашево, где получал уроки у знаменитого поэта-суфия Шамсетдина Заки. Впоследствии Акмулла жил и работал в разных местах: учил детей, занимался различными ремеслами, в частности, работал плотником, а также получил известность как талантливый поэт-импровизатор. Будучи не в состоянии жить на одном месте, в 25 лет он отправился путешествовать. Согласно X ревизии 1859 года, Мифтахетдин в 28 лет ещё жил в семье отца[7].

Акмулла путешествовал по югу Башкортостана, а затем в Зауралье. Мифтахетдин Акмулла на своей телеге, в специальных отсеках которой он хранил книги и рукописи, столярные и прочие инструменты, кочевал по башкирским аулам верховьев Урала, Агидели, долины реки Миасс, а также в степях Казахстана, распространяя среди людей гуманистические идеи, в том числе взгляды татарских просветителей[4]. Весной и летом, переезжая из аула в аул, с яйляу на яйляу, на сабантуях состязался с известными сэсэнами в искусстве поэтической импровизации, а также читал свои стихи перед народом.

Не понаслышке зная жизнь простого народа, Мифтахетдин Акмулла сам сталкивался с притеснениями со стороны богачей. По доносу казахского бая Батуча Исянгильдина был осуждён за уклонение от службы в царской армии[12] и на четыре года (1867—1871 гг.) заключён в Троицкую тюрьму. Будучи в заключении, Акмулла создал множество широко известных произведений: «Место мое — в зиндане» («Мәҡамым минең — зиндан») и другие.

Смерть Акмуллы была неожиданной и трагичной. В ночь на 14 (27) декабря 1895 года по дороге из Троицкa в Златоуст недалеко от Миасского завода вблизи железнодорожной станции Сыростан был убит. Похоронен на мусульманском кладбище Миасса.