Несмотря на значительные достижения в области атомной физики, существует ряд проблем в ней, которые до настоящего момента не получили четкого решения. Например, нам неизвестна сейчас внутренняя структура основных частиц (электрона, протона), природа механизмов взаимодействия между частицами. Нет четкого понимания сущности поля. Что это — определенная форма физической реальности, или только вспомогательный инструмент математического описания реальности? Чем объяснить двойственное состояние вещества (дискретно-непрерывное)? Вопросы можно продолжать.