Вопросы сохранения и укрепления здоровья учащихся и педагогов являются приоритетными для Второй Новосибирской гимназии уже не первый год. Ярким тому подтверждением является созданный более 10 лет назад оздоровительно-профилактический центр. В центре проводятся медицинские осмотры гимназистов, и на основании полученных данных составляется программа, направленная на улучшение здоровья детей. В гимназии используются современные технологии оздоровления: спелеотерапия, физиотерапия, массаж, аромотерапия, фитотерапия и другие. Для проведения функциональной диагностики имеется современный компьютерный электрокардиограф «Валента», спирометры, кистевой динамометр, электронные аппараты для измерения давления, пульса.