Вопросы сохранения и укрепления здоровья учащихся и педагогов являются приоритетными для Второй Новосибирской гимназии уже не первый год. Ярким тому подтверждением является созданный более 10 лет назад оздоровительно-профилактический центр. Помимо этого в гимназии разработана документация для осуществления медико-социального и педагогического мониторинга показателей здоровья гимназистов, используются здоровьесберегающие подходы в организации учебно-воспитательной работы с детьми, осуществляется психологическое сопровождение образовательного процесса, функционируют службы, обеспечивающие сохранение здоровья обучающихся: (служба питания, служба безопасности). Для формирования у гимназистов положительного отношения к своему здоровью с учениками и их семьями проводятся физкультурно-оздоровительные мероприятия.