Некоторые антивирусные программы на самом деле являются шпионским ПО, которое под них маскируется. Лучше несколько раз проверить, что антивирусная программа, которую вы загружаете, действительно является таковой. Ещё лучше использовать ПО известных производителей и загружать дистрибутивы только с сайта разработчика. Обучение пользователей может стать эффективным дополнением к антивирусному программному обеспечению. Простое обучение пользователей правилам безопасного использования компьютера (например не загружать и не запускать на выполнение неизвестные программы из Интернета) снизило бы вероятность распространения вирусов и избавило бы от надобности пользоваться многими антивирусными программами. Различные методы шифрования и упаковки вредоносных программ делают даже известные вирусы не обнаруживаемыми антивирусным программным обеспечением. Для обнаружения этих «замаскированных» вирусов требуется мощный механизм распаковки, который может дешифровать файлы перед их проверкой. Однако во многих антивирусных программах эта возможность отсутствует и, в связи с этим, часто невозможно обнаружить зашифрованные вирусы. Некоторые антивирусные программы могут значительно понизить быстродействие. Пользователи могут запретить антивирусную защиту, чтобы предотвратить потерю быстродействия, в свою очередь, увеличивая риск заражения вирусами. Для максимальной защищённости антивирусное программное обеспечение должно быть подключено всегда, несмотря на потерю быстродействия. Некоторые антивирусные программы (как AVG forWindows) не очень сильно влияют на быстродействие. Некоторые из продуктов для лучшего обнаружения используют несколько ядер для поиска и удаления вирусов и программ-шпионов. Например, в разработке NuWaveSoftware используется одновременно пять ядер (три для поисков вирусов и два для поиска программ-шпионов).