На занятиях курса «Школа маленьких учёных» объекты, предметы и явления окружающего мира рассматриваются не в узконаправленной области определенной науки, а в комплексе, с точки зрения разных наук. Программа курса  представляет собой интеграцию элементов различных дисциплин - физики, химии, биологии, экологии - в доступном, адаптированном данному возрасту виде. И она ориентирована прежде всего на практическую деятельность учащихся.

          Специфика данного курса обусловлена, с одной стороны, возрастом учащихся, с другой – необходимостью использования научной терминологии, научных методов исследования природных явлений. Особое внимание уделяется экспериментальным методам познания. Свойства объектов изучаются через опыты, проведение которых может занимать от одного занятия до нескольких дней. Главным при этом является не запоминание каких-то отдельных свойств того или иного объекта, а вооружение учащихся методом познания, подведение их к осознанию способности человека опытным путем изучать свойства различных объектов окружающего мира. Учащиеся получают ответы на свои вопросы с помощью эксперимента. Они учатся ставить задачу, выдвигать гипотезу, с помощью взрослого проводить эксперимент, наблюдать происходящие в течение эксперимента явления, фиксировать результат, обосновывать выводы.  Преодолевая трудности, возникшие по ходу проведения эксперимента, он разовьет волю, терпение и способность отстаивать свое собственное мнение.